事前シードされたカテゴリのセキュリティ設定は?

「誰でも~できる(作成/返信/閲覧)」という意味での「公開」でしょうか?

その設定には賛成です。削除する必要もありません。個人的には、これは良いデフォルトカテゴリだと思います。