Puedo reproducir el problema aquí en Meta también en el sitio que está en un commit anterior
Estoy bastante seguro de que este no es un error nuestro; puedo reproducirlo en un fiddle.
Si haces clic en “Ejecutar” varias veces, notarás que el primer y el segundo cuadro no presentan el problema.
El primer cuadro representa el tema claro y no tiene el problema. El segundo es uno al que le agregué un fondo negro para comparar. Tampoco presenta el problema.
El problema es más notable en el tercer cuadro, que usa los mismos colores que el tema oscuro predeterminado. Creo que la combinación de colores está confundiendo al navegador de alguna manera. He probado todos los trucos de animación que conozco y el resultado sigue siendo el mismo.
A menos que cambiemos nuestra animación o usemos colores diferentes, no estoy seguro de qué más podemos hacer aquí, aparte de esperar una corrección por parte del navegador, lo cual podría no ocurrir en un futuro cercano.