Sto lottando con questo, leggendo la raccomandazione di Google sembra che non gli importi particolarmente.
Le raccomandazioni per l’intestazione HTTP
rel="canonical"sono le stesse del taglinkrel="canonical".
Suppongo che non ci sia molto da perdere ed è possibile che un mix di no index più rel canonical sia la giusta ricetta di Google. Ma non ne sono sicuro.
@Falco ?