Creo que usar un script de importación sería una mejor idea para crear tantos usuarios, pero eso es un tema aparte 
De todos modos, alcanzarías el límite de tasa si envías el correo electrónico en el script también.
Si quieres ralentizar el proceso de envío de correos electrónicos, puedes añadir un sleep(x) (x en segundos) en el bucle ruby, y debe adaptarse a los límites de tasa existentes.
Si tienes la intención de que tu script se ejecute durante un tiempo, utiliza un gestor de sesiones como screen o tmux.
user = User.find_by(username: 'alehandrof')
if user
email_token = user.email_tokens.create(email: user.email)
Jobs.enqueue(:critical_user_email, type: :forgot_password, user_id: user.id, email_token: email_token.token)
end
No es necesario crear un archivo Ruby para esto; puedes ejecutarlo en la consola de Rails (./launcher enter app y luego rails c).