Para un tema creado a partir de un feed RSS, con embed set canonical url habilitado, esperaría que curl -i devolviera la URL del elemento RSS como la URL canónica. Eso funciona cuando lo pruebo en mi sitio local.
Suponiendo que tiene acceso a la consola de Discourse Rails, puede confirmar lo que está sucediendo encontrando el tema y luego verificando su propiedad topic_embed. Por ejemplo:
t = Topic.find 495
t.topic_embed
o simplemente:
TopicEmbed.find_by(topic_id: 495)
Se debería devolver un TopicEmbed. Su embed_url es lo que se espera que Discourse utilice para establecer la URL canónica del tema.
Yo también me he preguntado eso. Sería más difícil que hacer cambios en el plugin RSS, porque la incrustación es parte del código central de Discourse.