Para um tópico criado a partir de um feed RSS, com embed set canonical url ativado, eu esperaria que curl -i retornasse a URL do item RSS como a URL canônica. Isso funciona quando eu testo em meu site local.
Assumindo que você tenha acesso ao console Rails do Discourse, você pode confirmar o que está acontecendo encontrando o tópico e, em seguida, verificando sua propriedade topic_embed. Por exemplo:
t = Topic.find 495
t.topic_embed
ou apenas:
TopicEmbed.find_by(topic_id: 495)
Um TopicEmbed deve ser retornado. Seu embed_url é o que se espera que o Discourse use para definir a URL canônica do tópico.
Eu também me perguntei sobre isso. Seria mais difícil do que fazer alterações no plugin RSS, porque a incorporação faz parte do código principal do Discourse.