Я видел отчёты, что это работает без проблем. Это потребует некоторого простоя во время обновления ОС, но всё должно сработать.
Я предпочитаю запустить новый экземпляр EC2 с чистой ОС и перенести данные, как описано на Move your Discourse Instance to a Different Server.
(Я начал использовать Linux, когда обновления ядра обычно требовали замены всех бинарных файлов, поэтому некоторые мои практики могут быть устаревшими. 
)