certbot certificates を実行すると、証明書とその証明書がカバーするドメインが表示されます。もし、ルートドメインと www の両方をカバーしていない場合は、以下のいずれかの方法をとることができます。
- certbot を再度実行し、ルートドメインと www の両方の証明書を作成します。
このオプションを選択した場合、certbot certificates を実行して削除したい証明書の名前を取得します。次に certbot delete (削除したい証明書の証明書名) を実行します。これにより、新しい証明書（ルートドメインと www の両方を含む）だけが残るはずです。
または（最も簡単な方法）
certbot --expand -d existing.domain -d added.domainを実行します。
これにより、元のドメインと -d フラグで追加したドメインを含む新しい証明書で、証明書が更新されます。