Penso di avere lo stesso problema. Pensavo fosse perché usavo un sottodominio secondario (Let's Encrypt with sub-subdomain?) ma ho provato con un sottodominio normale e il certificato non viene ancora generato per il nuovo sito.
Sto cercando di capire come hai fatto a farlo funzionare, ma non riesco a seguirti 
Cosa hai fatto per farlo funzionare per te?
Se fosse questo, quali delle istruzioni if hai commentato?
Inoltre, hai idea di cosa potrebbe causare questo nuovo problema?