同様の問題に直面しているようです。サブサブドメイン（https://meta.discourse.org/t/lets-encrypt-with-sub-subdomain/264703）を使用したためだと思っていましたが、通常のサブドメインで試しても、新しいサイトの証明書はまだ生成されていません。
どのようにハッキングして動作させたのかを突き止めようとしていますが、理解できません 
どのように動作させたのか教えていただけますか？
もしこれだった場合、どのif文をコメントアウトしましたか？
また、この新しい問題の原因について何か考えはありますか？