La corrección está aquí:
Esta migración no funcionó como se esperaba:
DB.exec("UPDATE topic_timers SET duration_minutes = (duration * 60 * 24) WHERE duration_minutes != duration AND status_type = 7 AND duration IS NOT NULL")
DB.exec("UPDATE topic_timers SET duration_minutes = (duration * 60) WHERE duration_minutes != duration AND status_type != 7 AND duration IS NOT NULL")
WHERE duration_minutes != duration no funciona si duration_minutes es NULL, y todos ellos eran fueron NULL.
Sí, solo el trabajo Jobs::DeleteReplies hacía referencia directa al nuevo trabajo duration_minutes, por lo que otros temporizadores deberían haber permanecido sin afectar (según lo que puedo determinar).