Isso está acontecendo em meus dois sites auto-hospedados também, após a atualização da linha de comando hoje. Estas são instalações muito básicas, sem personalização ou plugins não oficiais, mantidas atualizadas regularmente e que normalmente atualizam sem dificuldade.
Estou atualmente tentando as sugestões de @mwaniki acima e verei como funciona, e relatarei aqui.