No todos los administradores tienen acceso a la línea de comandos, y no todos los que lo tienen están muy familiarizados con ella.
Además, requiere una reconstrucción, lo cual no es instantáneo, puede tener efectos secundarios y potencialmente provocar problemas.
Actualizar un plugin también requiere una reconstrucción, mientras que actualizar un componente del tema es tan sencillo como hacer clic en un botón.