Creo que Hypothesis puede acceder a páginas no públicas siempre que el usuario haya iniciado sesión.
Es posible añadir la anotación, pero solo obtienes la ruta correcta que apunta a la página si primero la abres usando la opción «Compartir esta página con un enlace».
Si hago eso, se crea la anotación correcta. De lo contrario, las anotaciones quedan huérfanas.
Como en este caso:
Desde el enlace, así: