Você está seguindo as instruções em Set up Let’s Encrypt with multiple domains / redirects?
Se você inserir www.mysite.com no template no OP, ele gerará isto:
after_ssl:
# diga ao letsencrypt quais certificados adicionais obter
- replace:
filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
from: /--keylength/
to: "-d www.mysite.com --keylength"
- replace:
filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
from: /--fullchainpath/
to: "-d www.mysite.com --fullchainpath"
global: true
Então você está fazendo isso errado.