SSL não é válido para www.domain.com

Você está seguindo as instruções em Set up Let’s Encrypt with multiple domains / redirects?

Se você inserir www.mysite.com no template no OP, ele gerará isto:

after_ssl:
   # diga ao letsencrypt quais certificados adicionais obter
    - replace:
        filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
        from: /--keylength/
        to: "-d www.mysite.com --keylength"
    - replace:
        filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
        from: /--fullchainpath/
        to: "-d www.mysite.com  --fullchainpath"
        global: true

Então você está fazendo isso errado.