He probado esto con usuarios ignorados y silenciados en la última versión de Discourse, y lo que estoy encontrando es que las respuestas a un tema que estoy siguiendo aparecen como publicaciones no leídas en la lista de temas. Las respuestas creadas por un usuario ignorado también hacen que el tema aparezca en mi lista de no leídos.
Al visitar el tema, el contador de respuestas desaparece. Creo que este es el comportamiento esperado, pero entiendo que los usuarios podrían esperar no ver ningún detalle sobre las respuestas creadas por usuarios silenciados o ignorados.
Lo que he encontrado no parece explicar lo que le está sucediendo al usuario en tu sitio. Lo que describe suena similar al problema descrito aquí: Can't dismiss unread if last post is an assign or whisper. Es un error que ha surgido varias veces, pero no he podido reproducirlo en la última versión de Discourse.