Testei isso com usuários ignorados e silenciados na versão mais recente do Discourse. O que estou encontrando é que respostas a um tópico que estou acompanhando aparecem como postagens não lidas na lista de tópicos. Respostas criadas por um usuário ignorado também fazem o tópico aparecer na minha lista de Não Lidos.
Ao visitar o tópico, a contagem de respostas desaparece. Acredito que esse seja o comportamento esperado, mas entendo como os usuários poderiam esperar não ver nenhum detalhe sobre respostas criadas por usuários silenciados ou ignorados.
O que encontrei não parece explicar o que está acontecendo com o usuário no seu site. O que eles descrevem parece semelhante ao problema descrito aqui: Can't dismiss unread if last post is an assign or whisper. Esse é um bug que surgiu algumas vezes, mas não consegui reproduzi-lo na versão mais recente do Discourse.