Ele tem algum complemento no Thunderbird que possa estar interferindo aqui? Uma busca rápida por thunderbird changing reply-to trouxe, por exemplo, este resultado:
https://addons.thunderbird.net/en-US/thunderbird/addon/stop-ignoring-reply-to/
Além disso, pode ajudar se você conseguir o e-mail bruto que ele recebe e talvez pedir que ele tente um cliente de e-mail diferente ou o webmail, se disponível, para testar.