pretty-text.js.es6 の extraHrefMatchers メカニズムでは、クエリ文字列や :// なしのスキームを許可していないようです。
当面の間、リンクをコードブロックに貼り付けてコピーできるようにしてください。例：
magnet:?xt=urn:btih:e2467cbf021192c241367b892230dc1e05c0580e&dn=ubuntu-19.10-desktop-amd64.iso&tr=https%3A%2F%2Ftorrent.ubuntu.com%2Fannounce&tr=https%3A%2F%2Fipv6.torrent.ubuntu.com%2Fannounce
IE のサポートが終了した後に、改めて検討しましょう。