Tentei depurar o problema. Eis o que descobri.
Encontrei o site em outro tópico e verifiquei-o sem plugins/temas, mas o problema ainda ocorre.
O que é estranho é a contagem na API.
Olhando para o código-fonte:
Tentei depurar para ver, e o count é bem passado. É; não há problema aqui.
No entanto, podemos ver que o pmCount é undefined. Este é provavelmente o problema porque o totalCount tem um valor NaN (Not A Number) agora, que é por isso que a condição no template o está ignorando.
Olhando para o histórico do GIT, esta função foi corrigida neste PR onde você pode ver que pmCount está sendo verificado antes de adicionar os dois números.
SECURITY: Hide PM count for tags by default (#20061) · discourse/discourse@f31f0b7 · GitHub
Esta correção está disponível desde 3.1.0.
Pesquisando sua versão do Discourse me diz que você está usando uma versão estável antiga 3.0.6
Versão curta:
Você está usando o Discourse 3.0.6, e uma correção foi lançada na 3.1.0, que corrigiu indiretamente este problema. 
Você provavelmente pode corrigir seu problema atualizando para a versão estável mais recente, que é a 3.2.0 ou, no mínimo, a 3.1.0.