¡Hola, Andy! Hombre, lo siento mucho de que esto sea tan complicado. El enlace a la página de etiquetas de tu sitio Public Happiness me ayuda un poco, creo que sí… tienes bastantes problemas extraños allí, como puedes ver… no hay grupos de etiquetas, lo cual es bueno saber. Si ordenas por nombre (alfabéticamente), verás que hay etiquetas vacías que parecen aparecer después de la D… bastante extraño y apunta a un problema mayor.
¿Puedes confirmar que estás viendo el mismo problema en modo seguro, con solo los plugins oficiales y sin personalizaciones del tema activadas?
¿Has reconstruido tu instancia eliminando o comentando en app.yml los plugins de etiquetas no oficiales que no deseas? Quizás aún tengan alguna influencia.
Sospecho que todos los espacios en blanco ocurren cada vez que tienes problemas al guardar con múltiples etiquetas, incluidas las que son obviamente extrañas porque aparecen varias veces en la página de etiquetas. Podrías probar esto cargando la página de etiquetas, intentando replicar el problema de nuevo y luego ver si se agrega una nueva.
Además de lo anterior… si fuera tú, empezaría haciendo algo de jardinería de etiquetas. 
Generalmente no quieres tener tantas etiquetas, y definitivamente ninguna que probablemente solo aparezca una vez. Puedes eliminar y fusionar etiquetas desde la página de etiquetas. Te recomendaría que procedas a eliminar las que aparecen duplicadas, o fusionarlas con una nueva etiqueta temporal, asegurándote de que las originales se eliminen y luego volver a renombrarla con el nombre de etiqueta que deseas.