Ciao Andy! Uffa, mi dispiace che sia una tale lotta. Il link alla pagina dei tag del tuo sito Public Happiness aiuta un po’, penso: vedi che ci sono un sacco di stranezze… niente gruppi di tag, il che è utile da sapere. Se ordini per nome (alfabeticamente) noterai che ci sono tag vuoti che sembrano comparire dopo la D… davvero strano e indica un problema più ampio.
Puoi confermare di vedere lo stesso problema in modalità sicura, con solo i plugin ufficiali e senza personalizzazioni del tema abilitate?
Hai ricostituito la tua istanza rimuovendo/commentando nel file app.yml i plugin dei tag non ufficiali che non desideri? Forse stanno ancora avendo qualche influenza.
Sospetto che tutti i vuoti si verifichino ogni volta che incontri problemi nel salvare con più tag, inclusi quelli ovviamente strani che appaiono più volte nella pagina dei tag. Potresti testarlo caricando la pagina dei tag, cercando di replicare il problema e poi vedere se ne viene aggiunto uno nuovo.
Oltre a quanto sopra… se fossi in te, inizierei con un po’ di giardinaggio dei tag. 
In generale non vuoi avere così tanti tag, e assolutamente nessun tag che probabilmente apparirà solo una volta. Puoi eliminare e unire i tag tramite la pagina dei tag. Procederei eliminando quelli che appaiono in duplicato, oppure unendoli a un nuovo tag temporaneo, assicurandomi che gli originali vengano eliminati, e poi rinominandolo di nuovo nel nome del tag desiderato.