Привет, Энди! Черт, извини, что всё так сложно. Ссылка на страницу тегов твоего сайта Public Happiness немного помогает, мне кажется — там, как видишь, много странностей: нет групп тегов, что уже полезно знать. Если отсортировать теги по имени (в алфавитном порядке), то после буквы D появятся пустые теги — это очень странно и указывает на более серьёзную проблему.
Можешь подтвердить, что ты видишь ту же проблему в безопасном режиме, когда включены только официальные плагины и отключены любые кастомизации темы?
Пересобирал ли ты экземпляр после удаления или закомментирования в файле app.yml неофициальных плагинов тегов, которые тебе не нужны? Возможно, они всё ещё оказывают влияние.
Я подозреваю, что все пустые теги возникают каждый раз, когда у тебя возникают проблемы с сохранением при использовании нескольких тегов, включая те, которые явно выглядят странно, потому что на странице тегов они отображаются многократно. Ты можешь проверить это, загрузив страницу тегов, попробовав воспроизвести проблему снова и посмотрев, добавится ли новый пустой тег.
Помимо всего вышеперечисленного… если бы я был на твоём месте, я бы начал с «садоводства» тегов 
Обычно не стоит иметь слишком много тегов, и уж точно не нужно создавать теги, которые, скорее всего, будут использоваться только один раз. Ты можешь удалять и объединять теги через страницу тегов. Я бы рекомендовал удалить теги, которые дублируются, или объединить их с новым временным тегом, убедиться, что оригиналы удалены, а затем переименовать временный тег обратно в нужный тебе.