Sí, esto es efectivamente un error.
La semana pasada estábamos migrando un foro a otro servidor y nos topamos con el límite de reemisión de LetsEncrypt (máximo 5 por semana para el mismo nombre de host). Al principio no sabíamos por qué, pero este error provocaba que el certificado se reemitiera en cada compilación y, tras cinco intentos, se alcanzó el límite de tasa. Esto no activó ninguna alarma porque el certificado anterior seguía en el servidor.
Hasta que movimos el foro a un servidor nuevo. Entonces no obtuvimos un certificado nuevo. Podíamos copiarlo del servidor antiguo, pero nunca nos dimos cuenta de qué lo causó.
acme.sh está fijado en la versión 2.9.0, mientras que master está en la 3.0.1 y cuenta con una función para establecer una cadena predeterminada, que sospecho podría estar relacionada.