O texto que aparece em uma linha imediatamente após uma tag div não é renderizado corretamente. Colocar uma linha em branco após a linha com a div resolve o problema.
<div>texto com div</div>
[um link]( `/admin/email/templates`.) **itálico**
Captura de tela:
Outro HTML não causa o problema:
<small>texto pequeno</small>
[um link]( `/admin/email/templates`.) **itálico**
texto pequeno
um link itálico
<span>texto com span</span>
[um link]( `/admin/email/templates`.) **itálico**
texto com span
um link itálico
Minha hipótese é que, uma vez detectado o HTML, a linha seguinte é absorvida pelo processador e, subsequentemente, não é analisada quanto a Markdown. Você pode testar isso colocando algum texto na linha após a div e no início da próxima linha:
<div>texto com div</div> fim da div
início do markdown [um link]( `/admin/email/templates`.) **itálico**
Captura de tela:

