Ciao @manuel 
Ho creato la stessa struttura e
@import "desktop/footer";
a desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
a mobile/mobile.scss
Ho provato a importare entrambi anche in desktop/desktop.scss o mobile/mobile.scss.
Funziona per me. L’ho provato nel tema creator.
Mi sono perso qualcosa? 
Puoi condividere un esempio? 