Olá @manuel 
Eu criei a mesma estrutura e
@import "desktop/footer";
para desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
para mobile/mobile.scss
Eu tentei importar ambos para desktop/desktop.scss ou mobile/mobile.scss também.
Funciona para mim. Eu tentei no criador de temas.
Eu perdi alguma coisa? 
Você pode compartilhar um exemplo? 