Por exemplo, tenho uma estrutura como:
O arquivo na pasta mobile não é reconhecido. Eu teria que nomeá-lo de forma diferente. Isso pode ser alterado ou faz parte de como os arquivos são processados?
Olá @manuel 
Eu criei a mesma estrutura e
@import "desktop/footer";
para desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
para mobile/mobile.scss
Eu tentei importar ambos para desktop/desktop.scss ou mobile/mobile.scss também.
Funciona para mim. Eu tentei no criador de temas.
Eu perdi alguma coisa? 
Você pode compartilhar um exemplo? 