C’est la bonne façon de faire 
Ne pas faire de copie/fork depuis GitHub.
Et comme d’habitude, il y a des problèmes. Pour moi en tout cas — si le monde de WordPress vous est familier, la question est très similaire à celle de savoir s’il faut utiliser functions.php pour les modifications dépendantes du thème, quelque chose comme des extraits de code lorsque la modification n’est pas dépendante du thème ou un thème enfant s’il faut modifier le thème ou le plugin ; et si un thème enfant est utilisé, vous perdrez les mises à jour de cette partie.