Acho que isso não vai causar um efeito de ‘bounce’ no mobile, pois usamos posicionamento fixo ao rolar e posicionamento absoluto quando ele se ancora, então ele nunca influencia o layout de qualquer forma.
Fiz um teste rápido onde apenas o escondi com CSS quando ele recebe a classe ‘docked’ (porque é por isso que o posicionamento salta ao carregar; a página é curta e a barra de progresso se ancora)… sem ‘bounce’ quando ele desaparece/reaparece.
A outra opção é desancorá-lo e mantê-lo em posição fixa durante o carregamento, mas o problema disso é que, se você pular para o topo da página vindo de bem lá embaixo (como quando está nos tópicos sugeridos)… acho que você veria um salto de posição quando a linha do tempo passar de ancorada para posição fixa?
De qualquer forma, vou testar e ver o que funciona melhor.