Según entiendo, las tareas rake destroy no eliminan datos de la base de datos, solo los eliminan de forma lógica. Para una eliminación física, necesitarías acceder a la consola de Rails.
Mis habilidades de Rails no son geniales, así que dudo en ofrecer algún consejo específico, especialmente para un trabajo de esta magnitud , pero hay algunos consejos existentes que podrías usar para investigar lo que necesitarías hacer. Por ejemplo: