Este sigue siendo el más sospechoso. Creo que silenciar una categoría principal puede hacer que las subcategorías también se silencien. ¿Estás seguro de que ninguna categoría está silenciada en tus preferencias?
Si filtras “latest” para una de las subcategorías que faltan en “latest” sin filtrar, ¿qué estado de seguimiento muestra el menú desplegable?
No creo que silenciar sea la forma correcta de forzar eso. Intentaría usar la configuración de seguridad de la categoría para eso. Permitir solo la lectura en la categoría principal, pero permitir leer, responder y crear en las subcategorías debería funcionar para evitar respuestas a la principal. También podrías querer habilitar default_subcategory_on_read_only_category. (No estoy seguro de que importe mucho ahora que el botón de nuevo tema ya no está deshabilitado en las categorías donde no tienes permiso para publicar).
No olvides usar la opción para cambiar la preferencia de los usuarios existentes cuando elimines las categorías de la configuración predeterminada de silenciadas.