Este ainda é o mais suspeito. Eu acho que silenciar uma categoria pai pode resultar no silenciamento das subcategorias também. Você tem certeza de que nenhuma categoria está silenciada em suas preferências?
Se você filtrar “latest” para uma das subcategorias que estão faltando no “latest” sem filtro, qual estado de rastreamento o menu suspenso mostra?
Eu não acho que silenciar seja a maneira correta de impor isso. Eu tentaria usar as configurações de segurança da categoria para isso. Permitir apenas a leitura na categoria pai, mas permitir leitura, resposta e criação nas subcategorias deve funcionar para evitar respostas à categoria pai. Você também pode querer ativar default_subcategory_on_read_only_category. (Não tenho certeza se isso importa muito agora, já que o botão de novo tópico não está mais desativado em categorias onde você não tem permissão para postar.)
Não se esqueça de usar a opção para alterar a preferência para usuários existentes ao remover as categorias da configuração padrão de silenciamento.