Sé que este hilo es antiguo, pero tenía el mismo problema y tuve que hacer algunos ajustes para que funcionara.
Lo que sucede es que verifiqué con ./launcher logs app y resulta que la plantilla onion copia un montón de cosas del sitio predeterminado; el problema es que algunas de estas configuraciones están duplicadas.
Tuve que iniciar sesión en el contenedor con ./launcher enter app y luego editar /etc/nginx/conf.d/onion.conf para eliminar la línea proxy_buffer_size 8k;.
Adicionalmente, tuve que agregar server_names_hash_bucket_size 64; al archivo nginx.conf.
Esto hizo que el servidor volviera a funcionar; lo descubrí revisando los registros.