こんにちは、@techwithanirudh さん！ 
最近、より多くのユースケースをサポートするために問題チェックシステムを刷新しましたが、プラグインがアンインストールされた際に通知をクリアする仕組みは現在ありません。現在、その機能に取り組んでいます。
それまでの間、以下のコンソールコマンドを試して通知をクリアすることができます。
ProblemCheckTracker.where(identifier: "discourse_automation").delete_all
AdminNotice.where(identifier: "discourse_automation").delete_all