Hmm, das ist ein seltsames Verhalten. Meinst du Backups, die aus dem Browser hochgeladen werden, oder Backups, die vom System erstellt werden?
Ich sehe keinen Grund, warum vom System erstellte Backups am falschen Ort landen sollten. Der Code sieht ziemlich einfach aus.
s3_helper wird mit dem korrekten Bucket und dem Multisite-Namen konfiguriert.