Hmm, ese es un comportamiento extraño. ¿Te refieres a las copias de seguridad que se suben desde el navegador o a las copias de seguridad creadas por el sistema?
No veo ninguna razón por la que las copias de seguridad creadas por el sistema terminen en el lugar equivocado. El código parece bastante sencillo.
s3_helper se configura con el bucket y el nombre multisitio correctos.