¡Ahh, no sabía que también había registros allí! 
¡Gracias por el aviso!
Hay mucho ocurriendo allí; parece que estaba renovando los certificados con cada reconstrucción, ¿verdad? Porque hay muchas acciones de renovación. Y @helmi tiene razón, creo que este es el que mencionas:
[Sat 25 Jan 2020 06:48:31 PM UTC] Create new order error. Le_OrderFinalize not found. {
“type”: “urn:ietf:params:acme:error:rateLimited”,
“detail”: "Error creating new order :: too many certificates already issued for exact set of domains: $
“status”: 429
Así que… ¿cómo supero eso?
edit: según Let’s Encrypt:
Si has alcanzado un límite de tasa, no tenemos forma de restablecerlo temporalmente. Tendrás que esperar hasta que el límite de tasa expire después de una semana.
Y luego encontré Rate Limits - Let's Encrypt
Así que… creo que simplemente tendré que esperar una semana…
edit2: revisé en https://crt.sh/ y solo veo 10 certificados para la semana pasada… ¿no 50?
pregunta: ¿cuándo considera un certificado una renovación? ¿Solo cuando se reconstruye la aplicación, supongo?