Solo per tua informazione, è generalmente consigliato apportare quel tipo di modifica in un piccolo componente tematico in modo che possa essere utilizzato con temi remoti, oltre ad essere collegato a più temi senza doverli modificare singolarmente.
Anche se penso che valga la pena verificare se si tratta di una limitazione sensata da applicare in primo luogo. Avere un menu di navigazione personalizzabile per utente in modo che possa adattarlo ai propri gusti (o lasciare il predefinito del sito se preferito) sembra un enorme punto a favore.