Huh! Isso é muito estranho e definitivamente explicaria o erro. Parece que até o .git do core do Discourse está faltando (já que chat/poll/etc. não têm URL).
Você pode compartilhar o trecho do app.yml onde os plugins são instalados?
Isso também é um pouco estranho:
Sugere que você tem um diretório de plugins dentro do seu diretório de plugins 