Às vezes, quando as pessoas descobrem que não há um subdiretório .git, é porque alguém fez uma cópia simples de um lugar para outro, e a cópia não incluiu os arquivos ocultos (dotfiles). Isso nunca aconteceria com uma instalação padrão, mas poderia acontecer onde há um histórico de pessoas fazendo coisas que acreditam entender. (O que eu digo de forma amigável, mas pode causar erros.)