Иногда, когда люди обнаруживают, что нет подкаталога .git, это связано с тем, что кто-то сделал простое копирование из одного места в другое, и при копировании были пропущены скрытые файлы (dotfiles). При стандартной установке такого никогда не произойдёт, но это может случиться в ситуациях, когда есть некоторая история действий людей, которые, как им кажется, всё понимают. (Я имею это в виду в добром смысле, но это может приводить к ошибкам.)