ありがとうございます、DEV: change platform mri to platform ruby on some gems · discourse/discourse@620c223 · GitHub は問題なさそうです。
unicorn は fork に依存しているため TruffleRuby 上では動作しない可能性が高いですが、実際にはインストールはされます。
Discourse は代わりに Puma で実行できますか？そのために必要な設定はありますか？
他にもいくつか残っているものがあり、それらについてはどうすればよいか迷っています（byebug、ruby-prof、better_errors、rbtrace、gc_tracer、stackprof、memory_profiler）
はい、それらはすべて現時点では MRI 固有のもののようです（異なるバックエンドをサポートし始めるまでは）。そのため、当面は platforms: :mri とするのがベストでしょう。
better_errors は動作するかもしれませんが、binding_of_caller はまだ TruffleRuby をサポートしていません。
これらの gem は主にデバッグやパフォーマンス解析のツールのようで、アプリを動作させるために必須とは考えられません。
はい、mini_racer についても検討する必要があります。
参考までに、なぜ Markdown のレンダリングに JavaScript が使われているのでしょうか？
クライアントブラウザで実行された場合と完全に同じ結果を得るためでしょうか？