Quieres hacer tus cambios en un plugin. Si intentas bifurcar Discourse y mantenerlo por separado, te arrepentirás mucho, mucho, si la historia sirve de algo.
¿Qué problema intentas resolver con contraseñas almacenadas como un hash MD5? Como ya se sugirió, todo Internet parece estar de acuerdo en que MD5 no es cifrado y no es adecuado para almacenar contraseñas.