Você quer fazer suas alterações em um plugin. Se você quiser fazer um fork do Discourse e tentar mantê-lo separadamente, você vai se arrepender muito, muito, se a história for um indicador.
Que problema você está tentando resolver com senhas armazenadas como um hash MD5? Como já foi sugerido, a internet inteira parece concordar que MD5 não é criptografia e não é adequado para armazenar senhas.