Похоже, ваша установка была выполнена до появления Let’s Encrypt; управлять сертификатами вручную не нужно. Я бы порекомендовал перенести всё на новую виртуальную машину (скорее всего, ваша операционная система уже устарела). См. Перенос сайта Discourse на другой VPS с помощью rsync.