Обновление занимает ~20 минут, и прогресс-бар временно застревает на шаге multisite:migrate

Поддержка
5

Удаление этого индекса на сервере всего с 6 тысячами пользователей должно занимать миллисекунды, даже на обычном жёстком диске; это верный признак того, что вашей базе данных не хватает ресурсов