Pude establecer la versión en 2.9.0.beta2 (id de commit: 88a8584348ed93a28286839bfc1c32b06bd50b3f) estableciendo el id de commit como “version” en app.yml. Esta vez la actualización funcionó. Después de eso, pude actualizar a 3.0.0.beta16.
Gracias a todos.