Hmm, estou me perguntando se é sempre uma má ideia fazer uma reconstrução pela linha de comando. Meu entendimento é que não há risco extra. Mas há potencialmente um custo extra: é um pouco menos conveniente fazê-lo; com uma instalação padrão, causará mais tempo de inatividade; e requer mais espaço livre em disco para fazê-lo. Se você estiver com pouco espaço, isso significa que precisará de mais cuidado.
Em qualquer caso, recomendo fortemente fazer um backup imediatamente antes de qualquer atualização e baixar esse backup para guardá-lo em segurança. (Um snapshot da máquina, se o seu provedor oferecer essa facilidade, também pode ser útil, mas não é um backup.)