Скрипт обновления не учел версию app.yml, приложение все еще в бета-версии

По умолчанию перед строкой version: стоит символ #

Вы удалили его перед повторной сборкой?

Символ # превращает строку в комментарий; если он присутствует, будет использоваться значение по умолчанию для version:, то есть tests-passed.

Переход на ветку stable дает очень мало преимуществ, при условии что вы тестируете релизы перед обновлением вашего рабочего сайта, так что это, вероятно, не принесет вреда.